Automatorの中に、PDFを結合するPythonスクリプトがありました。
使い方はこんな感じ。
/System/Library/Automator/Combine\ PDF\ Pages.action/Contents/Resources/join.py --output output-file.pdf infile01.pdf infile02.pdf infile03.pdf
--verbose
をつけるとどのファイルを読み込んで、どのページを結合しているかが出力される。
参考
AppleScriptが最終的にこのjoin.pyを呼び出していて知りました。