[2012-12-21 14:49:40]
潜在変数を探したいというか,行列分解をしてみたくてNMFを使おうと思ったが,
CRANからはRのパッケージが削除されてたらしい.
Package ‘NMF’ was removed from the CRAN repository.
CRAN - Package NMF
というわけで,CRAN-like repository <Renaud Gaujoux>を参考に,
> install.packages('NMF', repos=c('http://web.cbio.uct.ac.za/~renaud/CRAN', getOption('repos'))) (略) > library(NMF) Loading required package: pkgmaker Loading required package: rngtools Loading required package: registry Loading required package: digest Loading required package: grid NMF - Loading BioConductor layer ... NO [missing Biobase] To enable, try: install.extras('NMF') [with Bioconductor repository enabled] NMF - Checking shared memory capabilities ... NO [missing bigmemory] To enable, try: install.extras('NMF') > install.extras('NMF', repos=c('http://web.cbio.uct.ac.za/~renaud/CRAN', getOption('repos'))) (略) Loading required package: Biobase Warning messages: 1: package ‘Biobase’ is not available (for R version 2.15.2) 2: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called ‘Biobase’ > library(NMF) > example(NMF)
Biobaseがないって警告出てるけど,NMFは読み込めたみたい.
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor - Biobase
biocLite("Biobase")
これをあらかじめ実行しておけばBiobaseもインストールできる
マニュアルはここ(PDF)か,私の環境では
/Users/peccu/R/x86_64-apple-darwin12.2.0-library/2.15/NMF/doc/NMF-vignette.pdf
にありました.